1，容易被雜菌汙染。自制“果酶”采用自然發酵，類似於自制葡萄酒，但用於發酵的水果並不僅限於葡萄。水果在發酵過程中容易被雜菌(如真菌)汙染，所以家裏生產的“果酶”可能只是“發黴水果浸泡的水”。
2、亞硝酸鹽和甲醇。眾所周知，腌菜等食物中含有大量的亞硝酸鹽。使用自然發酵的水果酵素，由於菌種難以控制，往往會產生較多的亞硝酸鹽；由於工藝限制，也可能產生更多的甲醇。
3、高糖。制作“果酶”時，往往需要添加大量的糖，含糖量通常在10%以上。喝多了會增加糖分攝入。這種“酵素”不適合家裏有肥胖和糖尿病的人。
擴展數據
稀釋和釀造用酶的水溫有講究，壹般用40℃以下的冷溫水來激活和維持酶的活性；吃酵素期間壹定要多喝水，盡量保證每天8杯水的量。如果妳沒有喝足夠的水，妳就很容易便秘和易怒。如果飯後吃酵素，應避免剛吃飽就吃酵素，因為吃飽時體溫高，酵素活性容易受影響。
酵素是發酵產品，衛生要求必須嚴格控制，因為如果混入雜菌，可能會產生壹些不利於健康的毒素。所以酵素雖好，也要精心制作，適量飲用。如果喝後不舒服，就要停藥。
人民網-自制酵素謹防細菌超標
人民網-揭開酶的神秘面紗