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服用深海魚油劑量過高，會導致血液不易凝結，增加出血的風險。可能會出現的深海魚油的副作用有：噯氣，口臭，胃灼熱，惡心，稀便，皮疹和流鼻血。
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隨餐服用深海魚油補充劑，往往可以減少這些副作用的產生。某些魚類，特別是鯊魚、鯖魚和養殖鮭魚，可能會受到汞和其他化學品的汙染。因此，選擇魚油類補充劑時，要選擇純度高，提取自深海無汙染魚類的魚油產品。
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下列有疾病或癥狀的人，服用深海魚油時要特別註意：
1.肝病。攝入高劑量的魚油可能會增加肝病患者出血的危險。
2.對魚或海鮮過敏者。對魚和海鮮有過敏癥狀的人，在服用魚油補充劑進，也可能會出現過敏癥狀。因此，此類人群選擇魚油類產品時，需要謹慎。
3.躁郁癥患者。攝入高劑量的魚油可能會增加躁郁癥患者的癥狀。
4.抑郁癥。攝入高劑量的魚油可能會加重抑郁癥。
5.糖尿病。攝入高劑量的魚油可能會使血糖控制更加困難。
6.高血壓患者。深海魚油可以降低血壓。因此正在服用降壓藥的人，攝入高劑量的魚油可能會造成血壓太低。
7.家族性腺瘤性息肉。攝入高劑量的魚油可能會進壹步增加家族性腺瘤性息肉患者的癌癥風險。