經過明朝洪武時期的多次打擊，蒙古勢力已經基本撤出大漠南，對明朝邊境不構成直接威脅。1388年後，主托古斯提木爾被阿裏布格後裔所殺，去大元稱蒙古，明朝稱韃靼。明朝永樂向韃靼部和瓦拉部派遣使節，在韃靼遊牧區設立壹些拘留所，以經貿手段制服蒙古。如1410年，明成祖親自北伐，先後在宛南河畔、貝爾湖東岸追擊並擊敗韃靼可汗班雅士利和太史阿魯臺。戰後，班雅士利逃到瓦拉幾亞被殺，阿魯臺派使臣去貢和。北元政權崩潰後，部落分散，互相攻擊，前期被瓦拉打敗。瓦拉大師去世後，瓦拉大師分成了幾個互無血緣關系的部落。中期，達揚可汗短暫統壹各部，死後再次分裂。安達時期後，藏傳佛教傳入，部分部落與明朝和解。最後壹個利丹可汗死後，漠南被並入大清。明朝至宣德年間，蒙古各部開始南移，最終在嘉靖末形成了漠南蒙古各部。它經歷了三個階段:烏梁哈三味南移，北方被攻陷入集，左翼蒙古南移。