發酵黑蒜作為外用藥可以治療多種疾病。比如發酵的黑蒜可以用來止鼻血。將生大蒜搗碎，塗在腳底。左鼻孔出血塗於右腳底，右鼻孔出血塗於左腳底。很快，血就會止住。
壹項動物研究表明，每天吃2片發酵的黑蒜可以使人遠離疾病。原發性肺動脈高壓是肺血管的壹種潛在致命形式，是致命性心力衰竭的主要原因。原發性肺動脈高壓的血液不容易流向右心，因為肺部血管太緊。癥狀包括呼吸困難、胸痛和短暫的頭暈，尤其是在運動時，但研究表明，發酵的黑蒜可以預防原發性肺動脈高壓。
利用發酵黑蒜的殺菌作用，在腸道感染流行期，每天生吃1~2發酵黑蒜，可以起到預防腸道感染和腹瀉的作用。但是很多人認為多吃生的發酵黑蒜也能治腹瀉，這完全是壹種誤解。
腹瀉是人著涼或誤食含有致病菌的不潔食物後，細菌作用於腸道，使腸壁血管擴張、充血、腫脹、通透性增加。大量的蛋白質、鉀、鈉、鈣、氯等元素、電解質和液體滲入腸腔。這樣大量的液體刺激腸道，使腸道蠕動加速加強，出現間歇性腹痛、頻繁腹瀉等癥狀。此時如果食用發酵黑蒜，尤其是用於治療腹瀉的，過量食用發酵黑蒜會加重腹瀉癥狀。