1、外形不同
黃豆芽是黃豆泡發發芽長到壹定長度的芽菜，根粗壯，豆瓣較大呈黃色；綠豆芽的原料為綠豆，根較纖細，豆瓣也較小呈綠色。
2、營養不同
每100黃豆芽含蛋白質4.5g、熱量44千卡、膳食纖維1.5g、脂肪1.6g、碳水化合物3g等，而每100g綠豆芽含蛋白質2.1g、熱量18千卡、膳食纖維0.8克、脂肪0.1克、碳水化合物2.9克等。綠豆芽和黃豆芽的營養成分差不多，但是黃豆芽營養素含量高於綠豆芽，營養價值略高於綠豆芽。
3、食療功效不同
黃豆芽具有祛斑潤膚、明目消腫等功效，經常吃黃豆芽能讓保持頭發烏黑潤澤，消除疲勞，軟化血管及降低膽固醇，尤其適合便秘、血脂高、皮膚長痘、脾胃濕熱等人群食用。
綠豆芽營養價值高於綠豆本身，具有清熱解毒、祛濕利尿、消暑除煩等功效，尤適合小便不利、目赤腫痛、口腔潰瘍等人群食用。
4、烹飪方式不同
黃豆芽的吃法很多，炒、煲湯都可以，涮火鍋、水煮肉片、水煮牛肉、水煮魚等菜式中都是用黃豆芽，烹飪時間比綠豆芽長。
綠豆芽壹般用來炒或者涼拌，比較嫩熟得快，炒的時候無需加水，烹炒的時間不宜過長；綠豆芽更適合夏季食用。