發菌過程中，菌絲呼吸產出熱量導致料溫較室溫高3～4℃，所以室溫的控制要保證料溫不超過菌絲生長的適溫範圍，否則高溫會引起菌絲生長緩慢，甚至停止，菌絲老化等生理障礙，最終不出菇或出菇質量差。發菌過程中培養室的相對濕度控制在60%～70%。發菌初期培養室空氣濕度高，易引起雜菌滋生，並且菌種易產生氣生菌絲，影響吃料速度；發菌中、後期，隨著菌絲呼吸旺盛，水分消耗增加，需相應提高空氣濕度。
金針菇發菌培養階段不需要光照。菌絲生長呼吸產生大量二氧化碳，通風不良，二氧化碳濃度積累，不僅造成菌絲生長障礙，而且培養室易滋生雜菌。發菌初期菌絲呼吸作用弱，通風換氣次數及時間相對減少，而中、後期，菌絲生長旺盛，呼吸作用強，需適當增加通排風次數與時間，培養室的二氧化碳濃度保持在0.3%～0.4%為適宜。