首先外形上有所不同，貝貝南瓜的個頭很小，它的個頭只有巴掌大小，外觀十分漂亮誘人，表皮為灰綠色，帶淺綠色條紋，皮質非常硬；板栗南瓜的個頭相對來說更大壹些，果實呈扁球形，表皮為深綠色，有縱向花紋，表皮較光滑，肉厚、呈橙黃色。
口感上也有區別，貝貝南瓜的質地比較的軟糯濕潤，甜度更高，有板栗的香味，也有紅薯的香甜，屬於板栗和紅薯香氣的結合，口味更加多元化；而板栗南瓜最大的特色就是濃濃的板栗味，有著板栗的香味，口感也與板栗非常相似，非常的甜軟香濃。
產地來源不同，板栗南瓜是小瓜型的早熟南瓜品種，主要產地是東北地區的黑龍江省；貝貝南瓜卻是來自日本的壹種雜交培育而成的南瓜。
食用方法上貝貝南瓜和板栗南瓜壹般都喜歡用來蒸著吃，除了蒸之外，貝貝南瓜的肉質細膩如沙，又粉又糯，還可以用來做甜食，非常好吃；而板栗南瓜還可以用來炒或者炸，讓南瓜中的板栗味道更加突出。
貝貝南瓜雖然個小，但營養價值很高，除了含有豐富的維生素A、C，胡蘿蔔素以外，硒含量也非常高。硒元素能起到很好的抗氧化作用，還能增強免疫力。南瓜的碳水化合物少，還有豐富的果膠，吃南瓜可以降低血糖、降低膽固醇。