納豆起源於秦漢時期。
日本古書《和漢三才圖會》記載：“納豆自秦漢以來開始制作。”始於中國的豆豉，日本也曾稱納豆為“豉”，平城京出土的木簡中也有“豉”字。由於豆豉在僧家寺院的納所制造後放入甕桶貯藏，後由禪僧從秦漢傳播到日本寺廟，所以納豆首先在寺廟得到發展，是以亦稱“唐納豆”或“鹹納豆”。
隨後依當地環境發展出納豆，如日本不用豆豉而用大醬，或用醬油不用豉汁。在日本更基於各地區特色，傳承出諸如大龍寺納豆、大德寺納豆、壹休納豆、大福寺的濱名納豆、悟真寺的八橋納豆等等地方特產。
納豆的食用方法：
1、納豆蘋果丁：納豆有多種不同的吃法，平時把它和蘋果放在壹起吃，味道特別好。在食用以前需要準備納豆壹盒，蘋果壹個。把準備好的大豆倒在碗中，再加入調料，醬油和芥末，用筷子向同壹方向攪拌三分鐘使納豆之間拉出很多白色的長絲，這時要把蘋果去皮以後，切成小丁放在納豆中調勻，就可以直接食用了。
2、納豆配米飯：納豆配米飯也是它的常見吃法之壹，在吃的時候先準備米飯壹碗，納豆壹盒，雞蛋壹個，食用油和黑芝麻各適量。把米飯倒在盤中，雞蛋入平鍋煎熟，撒上黑芝麻，取出以後蓋在米飯上。把納豆取出加入自帶和調料調勻然後放在米飯旁邊，用微波加熱二分鐘取出以後，就可以享受納豆配米飯的獨有滋味了。