土雞蛋最好的保鮮方法有：存在陰涼通風的地方、避免沖洗以及粗暴操作、儲存在白沙或稻谷中、儲存在冰箱中、煮熟再保存。
1、存在陰涼通風的地方：將土雞蛋儲存在陰涼通風、避光的地方，可使蛋殼不脆裂或變色、保持自然新鮮狀態。
2、避免沖洗以及粗暴操作等：不要輕易將土雞蛋沖洗以及擦拭蛋殼，以免破壞蛋殼表面的保護膜，容易導致蛋殼和蛋內液體滲透和汙染。
3、儲存在白沙或稻谷中：將土雞蛋放置在白沙或稻谷中，可以有效地增加蛋殼表面的多孔度，減少細菌進入的機會，同時通過白沙或稻谷的殺菌作用，可以有效地控制細菌的繁殖。
4、儲存在冰箱中：將土雞蛋放入冰箱中，不要和其它味道較重的食品壹同儲存。這樣可以降低溫度，進而減緩蛋黃和蛋白質的新陳代謝速度，從而延長它的保質期。正確的存放方法是放時候要大頭朝上，小頭在下，不要橫放，這樣可使蛋黃上浮後貼在氣室下面，既可防止微生物侵入蛋黃，也有利於保證蛋品質量，避免散黃，延長保存時間。
5、煮熟再保存：對於散養土雞蛋來說，由於土雞更容易帶細菌，因此煮熟後再保存是保證食品安全的最佳措施。