面筋是蛋白質。雖然在分子的世界裏，蛋白質是個大家夥，被稱為大分子，分子量可以達到幾萬，但分子畢竟是微觀世界的東西，太小了，配不上我們的宏觀世界。當我們加水攪拌面粉時，蛋白質中的不同分子會聯手形成壹張大網，面粉中的澱粉和脂肪分子也嵌在這張大網中，形成壹個巨大的澱粉-蛋白質-脂肪復合體。蛋白質的“柄”只是壹個形象的比喻，實際上是不同分子之間通過二硫鍵交聯，即-S-S-。
面粉中構成蛋白質的氨基酸含有少量的巰基-SH，在加水和面的過程中，部分巰基被氧化(被氧化可以理解為失去H)，從而形成上面提到的分子間二硫鍵-S-S-。這裏，形成的二硫鍵數量是雙倍的。二硫鍵太多只是讓蛋白質緊密交聯，澱粉和脂肪無法嵌入。這就是面筋的沈澱。
在揉面的過程中，首先是澱粉、脂肪等嵌入大網中，同時也有壹部分空氣揉進面團中。然後，我們需要將面團放置壹段時間，這就是所謂的“醒發”。醒來時更多的巰基-SH被氧化生成二硫鍵-S-S-。這樣網就“收緊”了壹點，面團就更結實了。
在堿性條件下，二硫鍵的反應會更好。因此，人們常常在面團中放入少量的食用堿或小蘇打(碳酸鈉或碳酸氫鈉)使面團變得更好(這樣，我們也解釋了為什麽南方菜市場賣的面筋含有堿。