1865年至1877年期間，當時被稱為中亞屠夫的阿古柏，在俄國和英國的支持下，開始帶兵入侵新疆，史稱“阿古柏叛亂”。不到半個月，左為收復新疆朝廷派往阿古柏的軍隊，成功收復達阪城、吐魯番、吉圖克松等地。成功打開新疆南門，阿古波知道大勢已去逃往庫爾勒，不料半路突發疾病死亡。
然而，阿古博的後裔進行了頑強的抵抗。於是，1877年9月，朝廷布置收復南疆八城之戰，意欲壹舉收復新疆全境，卻遭到英國的阻擊。但左仍堅持收復新疆，並率部收復和田地區。在不到兩年的時間裏，他收復了除伊犁以外的大部分新疆。左在新疆和田擊敗阿古柏殘部後，不僅收復了
原來，為了支持阿古博入侵中國新疆，英國給他大量軍火，並允許他在印度招募工匠，在喀什建立兵工廠。就這樣，左俘虜的五千多人被阿古柏帶到了新疆。如何處理這5000多名印度囚犯？左經過深思熟慮，決定將他們釋放，想留在中國就放在內地，不想留就放回印度，這樣既避免了濫殺無辜，也有利於處理戰爭的善後工作。