研究院以農業生態學、濕地生態學、遙感與地理信息、環境與區域發展為研究重點，旨在為保障國家糧食安全、生態安全和振興東北老工業基地做出基礎性、戰略性、前瞻性貢獻。2002年，該院進入中國科學院知識創新工程序列，2015年進入中國科學院“率先”計劃特色研究所序列。“十三五”期間，該所將重點開展“蘇打鹽堿地高效治理與草地生產力提升技術”、“東北主要農業種質資源創新與新品種培育”、“黑土生產力提升關鍵技術研究與示範”等領域的研究工作，有望取得重大突破；重點培育“松嫩平原R&D與資源節約型作物生產模式應用”、“三江-松嫩平原濕地水文調蓄能力與農業水資源保障”、“退化濕地恢復與人工濕地建設”、“東北地區環境影響機理與汙染控制與農田修復”、“東北地區農業生態環境綜合評價與空間格局優化”等研究方向。