瓊脂糖壹般加熱到90℃以上溶於水，當溫度降至35-40℃時，形成良好的半固體凝膠，這是其各種用途的主要特征和基礎。瓊脂糖凝膠的性能通常用凝膠強度來表示。強度越高，凝膠性能越好。優質瓊脂糖的強度通常在1200g /cm2以上(1%凝膠濃度)。
瓊脂糖的凝膠化是因為氫鍵的存在，所有能破壞氫鍵的因素都會導致凝膠化的破壞。瓊脂糖具有親水性，幾乎完全不含帶電基團，對敏感的生物大分子很少引起變性和吸附，因此是理想的惰性載體。在瓊脂糖的制備過程中，需要盡可能的去除瓊脂中的果膠，否則可能會有極少量的硫酸鹽和丙酮酸取代瓊脂糖中的離子化基團，引起電滲(EEO)，從而影響顆粒的運動。