銀杏種子可分為種皮和種仁。種皮從外到內分為三層:最外層為黃色肉質外果皮；中間是白色堅硬的中果皮(白色外皮)；裏面是壹層薄薄的紅色種皮，包在種仁(銀杏)外面。在這三種種皮中，外果皮含有許多揮發性物質，主要是丁酸和己酸。也是因為它們，成熟的銀杏種子散發出難聞的氣味。這很正常。難聞的氣味表明水果成熟了，就像橘子成熟時散發出香味壹樣。
銀杏果吃多了會中毒。
銀杏所含毒素量最大，為銀杏酚酸和其他銀杏酚酸，統稱銀杏酚酸。這些成分具有過敏性、細胞毒性和免疫毒性。
同時，實驗證明，銀杏肉中還含有微量的氰化物(化學術語，意為極微量)，銀杏核中氰化物的含量遠高於果肉，且銀杏含有類似生物堿的毒物，食用過量會加重毒性，甚至引起中毒甚至死亡。所以作為食物或藥膳，壹定要去核，炸透或煮熟，用量要小。