清初年重建，康熙二年(1663)，總督張朝珍修建大雄寶殿和山門，迎江寺成為規模較大的城池。隨著後續的改建和擴建，它將最終成為壹個著名的沿河寺廟。鹹豐十壹年(1861年)毀於戰亂。清同治元年(1862)重修，命名為“迎江寺”，寓意該寺屹立在長江前。光緒元年(1875)，慈禧太後贈盈江寺“妙明園”匾額，掛在藏經閣上。光緒二十四年(1898)，近代著名高僧夏越在九華山畫廊創辦第壹所佛學院後不久，來到迎江寺任住持。在他住持期間，他留下了著名的《夏越住持公案》反對袁世凱稱帝。在夏越離開之前，他的前弟子新建來到了盈江寺擔任住持。盈江寺大門上方有壹塊寫有“盈江寺”字樣的牌匾，大門兩側各有兩個鐵錨，重約3噸，是此寺區別於其他寺廟的獨特之處。民間傳說，安慶地形如船，塔為桅。若不拋錨，安慶城隨江東而去，故設。