糖蛋白的檢測大致有以下幾種：放射性標記法、分子熒光標記法、電泳法、凝集素標記法、抗體標記法和化學酵素法。
獲得糖基化蛋白的方法主要是電泳法和層析法。電泳法即通過電泳的方法先得到糖蛋白條帶或蛋白點，再通過電洗脫或透析的方法得到糖蛋白。此方法較為費時，且在操作中易使蛋白變性。而層析法則具有快速、準確、分辨率高、穩定性好等特點，是分析糖蛋白的理想手段。目前，利用抗體、凝集素進行親和層析已成為分離存化糖蛋白的主要方法。
糖基化氨基酸位點的鑒定中，Edman降解法冗長，需要高超的實驗技巧和較多的蛋白質，且無法處理N－端封閉的蛋白質。因此，隨著質譜技術的發展，此法已不在被廣泛使用。核磁***振技術也可用於糖基化氨基酸位點的鑒定。這種方法可在液態溶液中直接進行蛋白質結構測定。糖鏈結構的鑒定也采用質譜技術、毛細管電泳技術、氣相色譜技術及凝集素親和技術。