腸結核主要由人型結核分枝桿菌引起。少數地區也有因飲用未經消毒的帶菌牛奶或乳制品而發生牛型結核分枝桿菌腸結核。
結核分枝桿菌侵犯腸道主要是經口感染。患者多存在開放性肺結核或喉結核，因為經常吞下含結核分枝桿菌的痰液，而引起本病。經常和開放性肺結核患者***餐，忽視餐具隔離消毒，也可被感染。
結核分枝桿菌進入腸道後，多數在回盲部引起結核病變，可能和下列因素有關:①含結核
分枝桿菌的腸內容物在回盲部停留較久，增加了感染機會；②回盲部有豐富的淋巴組織，結核分枝桿菌易侵犯淋巴組織，因此成為腸結核的好發部位，但胃腸道其他部位有時亦可受累。
腸結核也可因血行播散引起，見於粟粒型結核，或因腹腔內結核病竈如女性生殖器結核直接蔓延引起。
結核病的發病是人體和結核分枝桿菌相互作用的結果。經上述途徑而獲得感染只是致病的條件，只有當侵入的結核分枝桿菌數量較多、毒力較大，且人體免疫功能低下、腸功能紊亂引起局部抵抗力削弱時，才會發病。