黑木耳營養豐富，本身無毒。但經過長時間的浸泡，可能會引起變質，產生生物毒素，或者細菌、真菌等病原微生物滋生，特別是浸泡時間超過8小時，變質滋生的細菌量會達到幾倍到幾十倍，從而導致毒素的產生。所以涼拌木耳不能隔夜吃。
美國食品藥品監督管理局曾對涼拌菜做過專門的測試，發現涼拌菜在室溫下保存超過2小時，就會被微生物汙染而變質，而保存在26度以上，變質更嚴重，用筷子吃完剩下的涼拌菜後保質期會更短。
冷拌黑木耳註意事項:
出血性中風患者要慎重食用:經常食用黑木耳能抑制血小板聚集，降低血液中膽固醇的含量，對冠心病、動脈硬化、心腦血管疾病的防治相當有益。雖然黑木耳有很多好處，但是出血性中風患者由於凝血功能較差，還是要謹慎食用。
泡木耳時間不宜過長:泡木耳食材最好放在冰箱裏。壹般浸泡20到30分鐘就夠了。泡好了，要馬上吃。另外，在挑選新鮮的黑木耳時，如果發現黑木耳發粘、流膿，壹定要放棄購買。