因為蘑菇生長需要良好的通風換氣環境，所以為了充分利用自然的通風換氣條件，合適的面積也會大讓棚內部的空氣進行對流，使大棚內的蘑菇都能夠充分的接觸新鮮空氣，這樣就可以減少病害發生，生產出高產優質的蘑菇來。
蘑菇種植中需要註意的事項如下：
壹、預濕不充分 稻草應充分浸泡，以利發酵。浸泡不充分的稻草翻堆時需大量補水，在兩次翻堆之前不能補足水分的不但以後很難補足水分，而且還會影響菌絲的生長。
二、翻堆不勻 翻堆時應按“生料放中間，熟料放兩邊;中間的放兩頭，兩頭的放中間”的原則。但很多人翻堆時不遵循上述原則，以致培養料發酵不勻，達不到翻堆的目的。
三、采土不合要求 有些種植戶覆土時采用未經消毒處理的菜園土，有的則添加未充分腐熟的牛糞。這樣的營養土中帶有大量病菌和蟲卵，容易引發多種病害，給生產帶來損失。
四、覆土時添加尿素 新的種植戶容易習慣性地把蘑菇種植和其他作物種植等同起來，覆土時添加尿素，造成氨味過重導致菌絲死亡。