小腸腺位於固有層,開口於相鄰絨毛之間的基部。它主要由柱狀細胞、杯狀細胞和panet Shi細胞組成。柱狀細胞數量最多,橫紋邊緣不明顯,只能分泌腸道激活酶。Paneth細胞位於腺體底部,胞質頂部有錐體細胞和粗嗜酸性顆粒。潘氏細胞能分泌溶菌酶。結腸和腸腺中不含潘氏細胞。
與小腸腺相比,絨毛中央的管腔較大,由單層內皮構成的中央乳腺導管為毛細淋巴管。導管周圍有散在的平滑肌束。小腸絨毛的壁只有壹小層厚。小腸絨毛被網狀微血管覆蓋。小腸是消化吸收的主要場所。腸絨毛上皮細胞從消化道吸收氨基酸、葡萄糖和無機鹽進入血液。如果這部分受損,會影響上述營養物質的吸收,糞便中可檢出可溶性糖等營養物質。