小米燕麥粥富含膳食纖維，但纖維較粗糙，比較不容易消化，尤其若有胃脹氣問題者，大量食用小米燕麥粥恐造成腸胃不適。小米燕麥粥含有植酸、草酸成分會抑制鐵質與鈣質的吸收，因此小米燕麥粥最好不要與牛奶壹起食用，以免影響鈣質吸收。小米燕麥粥雖有助控制血糖，但小米燕麥粥仍屬於五谷雜糧類，過量食用恐攝取過多澱粉，反不利維持血糖穩定。
還有註意小米燕麥粥不可壹次吃得太多，尤其是燕麥，如果壹次吃的過多，容易導致胃痙攣的問題，在熬制小米燕麥粥的同時，切記不要和杏仁壹起熬煮，否則會引起食物中毒。