1.瓊脂糖凝膠電泳可以估計用限制性內切酶消化的DNA片段的大小,例如,在克隆DNA的限制性圖譜中。
2.PCR產物的分析,如分子遺傳診斷或基因指紋分析。
3.瓊脂糖凝膠電泳通常用於分析具有不同超螺旋拓撲結構的環狀DNA,以及分析由於DNA合成而產生的不同片段。
4.瓊脂糖凝膠除了為片段大小分析提供極好的介質外,還可以純化DNA片段。