制作酸奶時，通常采用保加利亞乳桿菌和嗜熱鏈球菌進行發酵，發酵比例為1∶1或1∶2，這兩種菌株在發酵特性上是互補的。
壹般來說，酸奶生產中常用保加利亞乳桿菌和嗜熱鏈球菌。這兩種真菌都是人體腸道內的正常菌群。它們不僅能耐受胃酸和膽汁酸，還能在腸道內定植，對人體有壹定的保健價值。
如果進行酸奶發酵，該混合菌的最佳發酵比例為1∶2，發酵溫度為41℃，接種量為3-5%。兩種細菌混合發酵可以有效彌補嗜酸乳桿菌乳風味的不足，同時增強酸奶的適口性。同時，兩種細菌之間存在壹定的關系，可以增強產酸能力，縮短發酵時間。