綠豆芽還含有蛋白酶抑制劑、皂甙等抗營養因子，可能會刺激腸胃，導致輕度消化不良。但經過高溫蒸煮後，前者會失活，後者會流入湯中，可以放心食用。綠豆芽屬於寒性食物，含有粗纖維，會加速腸胃的蠕動，導致腹瀉，經常吃容易損害身體。因此，不宜多吃綠豆芽。要控制吃綠豆芽的頻率，不要貪圖自己的飯量，註意身體健康。
正常綠豆芽略黃，略細，水分適中，無異味；異常綠豆芽顏色為白色，豆稍發青，莖較粗，水分較多，氣味刺鼻。