過量使用卵磷脂會導致惡心、腹痛、腹瀉、頭痛、呼吸困難、哮喘、嘔吐和頭暈等副作用，還會導致輕度消化不良和便溏，以及體重明顯增加。食欲不振也是卵磷脂最常見的副作用之壹。此外，過量食用卵磷脂還會引起某些人的血壓降低和口臭。其他副作用包括咳嗽、打噴嚏、流鼻涕、喉嚨腫、出汗、過敏性休克等。
如果血管堵塞，最好適當攝入卵磷脂，因為如果攝入過多，會增加膽固醇，對腦血管堵塞有影響。最好不要長期服用。
所以在服用卵磷脂的時候，不要過量，要註意量，否則會引起相關的副作用。