烏梅丸主要有三種配方。壹種出自《傷寒論》，主要由烏梅、細辛、幹姜、黃連、當歸、附子、花椒、桂枝、人參、黃柏、苦酒、蜂蜜等成分組成；第二種出自《太平盛輝方》卷十三，主要成分有烏梅肉、黃連、當歸、枸杞子皮、阿膠、幹姜等。第三種出自《太平盛輝方》第52卷，主要成分為烏梅3枚、鱉甲60克、升麻、柴胡、甘草、麥冬、虎骨、冠、大黃、桃仁。
處方不同的原因，壹方面是從古至今流傳的版本不同，另壹方面是不同的處方名稱相同，另壹方面是臨床上根據患者的情況增減藥物的劑量和種類。
在《吳梅丸》中，由於方劑名稱的重復，大致有三種方劑。其中，吳梅丸記載的傷寒較為常用。同時根據醫生的加減，可以形成基於上述處方的不同處方。