1.體毛形態不同:壹線倉鼠和三線倉鼠的體毛形態有明顯的差異。壹線倉鼠常有壹條明顯的黑色背線，從頭延伸至尾，兩側有較淺的灰色條紋。而三線倉鼠則有三條明顯的黑背紋，中間背紋比較寬，兩邊背紋比較窄。
2.體型不同:壹線倉鼠和三線倉鼠的體型也有差異。壹線倉鼠比較小，體長大概8-10 cm。三線倉鼠比較大，體長可以達到12-15 cm左右。
3.性格特點不同:壹線倉鼠和三線倉鼠性格也不同。壹線倉鼠好動，好奇心強，容易馴養，適合當寵物。而三線倉鼠則相對內向膽小，需要壹定的時間和耐心去接近陌生的環境和人類。