2.治療瘧疾。在中醫中，黃連壹直用於治療瘧疾等嚴重腹瀉。黃連含小檗堿，具有抑菌、抗菌作用，對痢疾桿菌、結核桿菌、肺炎球菌、傷寒桿菌、白喉桿菌有抑制作用，對痢疾桿菌作用最強。是治療細菌性腸胃炎、痢疾等胃腸疾病的特效藥。
3、治療消化道炎癥。由於黃連的苦味作用，黃連素會在胃腸道內停留較長時間，對重癥消化道有明顯的治療作用。
4.降低血糖。黃連中的小檗堿與給藥劑量和給藥方式有關。治療糖尿病患者時，可適當加入少量黃連素，可明顯降低血糖。