文昌魚壹方面終生具有脊髓、背神經管、鰓裂等脊索動物的基本特征，另壹方面又不同於脊椎動物，其身體結構具有無頭無腦、無附屬物、無心臟、原始的分節肌節等壹系列原始特征。因此，從比較解剖學的角度來看，文昌魚是介於無脊椎動物和脊椎動物之間的過渡類型。是研究動物進化不可缺少的珍貴標本。達爾文在評價俄羅斯胚胎學家柯·瓦列夫斯基發現文昌魚地位的工作時說，“這是最偉大的發現，它提供了揭示脊椎動物起源的鑰匙”。