有毒性，是潛在毒性很強的苦杏仁苷。不過，這種物質也廣泛分布在杏仁、蘋果籽等薔薇科植物的種子中。這種苦味物質水解後能產生氰化物。氰化物中毒確實會引起頭痛、惡心、嘔吐等癥狀，嚴重時會導致呼吸困難甚至死亡。
需要註意的是，櫻桃核中苦杏仁苷的含量遠低於苦杏仁。即使嚼5塊，也很難有嚴重的中毒反應。
壹般來說，櫻桃核的毒性只有在妳慢慢咀嚼和吞咽足夠的櫻桃核時才會顯現出來。