檸檬水本身含有大量酸性物質，尤其是檸檬酸。如果空腹喝太多檸檬水，容易刺激胃酸分泌過多，對胃造成傷害。如果長期這樣做，甚至會導致胃潰瘍的出現，尤其是腸胃功能相對較差的人，更應該避免喝檸檬水。
2.檸檬水不宜用熱水沖泡。
浸泡檸檬的水需要高溫。如果用剛燒開的水，很容易破壞檸檬所含的營養成分，同時也會破壞檸檬水的味道，不僅會變得更酸，還會更苦，難以下咽。通常，浸泡檸檬的水保持在60℃就足夠了。