黑西瓜種子含脂肪油、蛋白質、維生素B2、戊聚糖、澱粉、粗纖維、α-氨基-β-(吡唑基-N)丙酸。又含尿素酶、α-半乳糖甙酶、β-半乳糖甙酶和蔗糖酶。還含壹種皂甙樣成分名Cucurbocitrin，有降壓作用，並能緩解急性膀胱炎之癥狀。
西瓜子有降低血壓的功效，並有助於預防動脈硬化，因此高血壓病人可以常食；西瓜子有清肺化痰的作用，對咳嗽痰多和咯血等癥有輔助功效；西瓜子富含油脂，有健胃、通便的作用。