②施用方式不同:有機肥壹般在生長期用作基肥或追肥;菌肥可用於拌種、基肥、追肥、蘸根等。
③使用條件不同:有機肥壹般沒有特殊限制,但菌肥是“活的”,不能與農藥、殺菌劑混用,也不能長時間暴露在陽光下。土壤含水量、溫度和pH值條件也會影響菌肥的效果。