瓊脂糖濃度
給定大小的線性DNA分子在不同濃度的瓊脂糖凝膠中的遷移速度是不同的。DNA電泳遷移率的對數與凝膠濃度呈線性關系。凝膠濃度的選擇取決於DNA分子的大小。分離小於0.5kb的DNA片段所需的凝膠濃度為1.2-1.5%，分離大於10kb的DNA分子所需的凝膠濃度為0.3-0.7%，對於大小介於兩者之間的DNA片段，凝膠濃度為0.8-1.0%。
聚丙烯酰胺也差不多。
原則:
高濃度交聯度高，孔徑小，適用於分子量小的組分。
反之，交聯度低，孔徑大，適用於分子量大的組分。