1，不同科屬:木瓜屬於葫蘆科木瓜屬，又名南瓜、長壽瓜、豐收瓜、洋瓜等。佛手是蕓香科的柑橘類植物，也有佛手、五佛手或五指柑的名稱。
2.功效不同:佛手具有理氣化痰、止嘔腹脹、疏肝健脾和胃等多種藥用價值，對氣管炎、哮喘、胃病、胸悶、惡心嘔吐等有顯著療效。但木瓜有祛風退熱、健脾開胃、化痰止咳的功效。
3、用途不同:佛手可食用，常用於烹飪、制作甜品、飲品等。佛手瓜是蔬菜，不是水果，可以用來炒、煮、腌制。