育苗用海水是否必須進行前處理，取決於水源的水質狀況，主要指水源的病害、赤潮、汙染、混濁度等指標。常用的水處理方法有三大類，即物理方法、化學方法、生物方 法。
（1）物理處理
有砂濾、活性炭過濾、黑暗沈澱法和明礬沈澱處理。
（2）化學處理
使用漂粉精、二氧化氯、臭氧等處理法，以上方法處理後海水必須充分曝氣或使用硫代硫酸鈉去氯後方可使用。
（3）生物方法
目前廣泛采用生物膜處理可有效去除水中氨氮及亞硝酸鹽。