1、菌種老化:紅茶菌中的酵母菌、乳酸菌等菌種會因長期不換水而老化，導致口感和營養價值明顯下降，失去飲用價值。
2.致病菌的滋生:長時間不換水可能會導致其他致病菌的滋生，如黴菌等，使紅茶菌變質，飲用後可能會引起腸胃不適，如惡心、嘔吐、腹痛、腹瀉等。嚴重時甚至會導致食物中毒和急性腸胃炎。
3.外觀變化:紅茶菌可能顏色黑黃，或者有異常的酸味和異味，都是紅茶菌變質的表現。
4.因此，建議定期更換紅茶菌水分，註意密封，置於陰涼通風幹燥處，以保持其質量安全。喝的時候要用水喝，用水稀釋，避免對胃腸道的刺激和不適。如果紅茶菌泡了兩年不及時換水，最好不要再喝了，因為可能還有其他有害物質或雜菌，對健康有不良影響。