1、補血的功效不同。歸芍地黃丸的補血作用優於杞菊地黃丸。
2、成分不同。歸芍地黃丸是在六味地黃丸的基礎上增加了當歸、白芍兩味中藥組合而成。杞菊地黃丸配方成分是在六味地黃丸的基礎上增加枸杞子、菊花兩味中藥組合而成。
上：歸芍地黃丸
下：杞菊地黃丸
3、對治的病癥不同。歸芍地黃丸能有針對性地治療婦女因腎虛而引起的崩漏、頭暈、乏力、腰腿酸疼、耳鳴等。杞菊地黃丸可治療肝腎陰虛和同時伴有的頭暈目眩、視力減退、視物昏花等眼部疾病，以及高血壓、糖尿病等。
如上所說，因為歸芍地黃丸和杞菊地黃丸對治的病癥並不相同，所以歸芍地黃丸和杞菊地黃丸並不能相互替代使用。