紅潮分為三類:
無毒赤潮。這種赤潮壹般無害，通常不會對海水養殖造成很大影響。
對人體無害，對水生生物有害的赤潮。這種赤潮主要通過堵塞魚鰓或造成機械損傷來危害養殖魚類。例如，角毛藻的長刺可以刺到魚鰓，而裸子植物七子花和卡氏衣藻可以通過產生溶血毒素損害魚鰓和其他水生動物，從而危及海洋水產養殖。
有毒赤潮(對人體有毒的赤潮)。這種赤潮可以分泌赤潮毒素，通過食物鏈傳播，被生物積累，對消費者造成中毒，嚴重威脅人類健康。
據相關資料顯示，有毒赤潮占全球所有赤潮的比例不到1%。