牛蛙及其蝌蚪的敵害很多，如水蜈蚣（龍虱幼蟲）、蜻蜓幼蟲、野雜魚（烏魚、鱖魚等肉食性魚類）、龜、鱉、蛙類（特別是虎紋蛙及其蝌蚪）、鳥類等都是蝌蚪的敵害。鼠、蛇等能危害幼蛙和成蛙（包括親蛙），大蛙也能吞食小蛙，池塘中水綿過多也能將蝌蚪和幼蛙網死。
壹只水蜈蚣壹晝夜能殺死蝌蚪20-30尾，以體長2-3cm的蝌蚪受害最多，另外，它對幼蛙也有壹定的危害。用l-4mg/kg2.5%的敵百蟲灑在水面即可殺滅水蜈蚣，對蝌蚪無害。
蜻蜒幼蟲對蝌蚪危害相當大，它主要是從腹部將蝌蚪咬死。在池岸噴灑敵敵畏可避免蜻蜒在池內產卵繁殖。
水綿漂浮於水中，蝌蚪或幼蛙遊入其中很難脫身，可用硫酸銅(0.7-1.4mg/kg)將它殺滅。