1，療效不明確，根據中醫的壹些理論和實踐，幾種藥材可以從顆粒的簡單配方中發揮不同的作用，如生脈散(人參、麥冬)。五味子水煎劑的療效明顯強於上述三種顆粒混合而成的顆粒；在四逆湯(附子、炮姜、炙甘草)中，合煎不僅療效明顯強於混合顆粒配方，而且大大降低了附子中烏頭堿的毒性。發現這是因為幾種藥材壹起熬制，其間其有效成分發生了結合、絡合、溶解等壹系列化學變化，達到了中醫理論認為的療效，而顆粒配方則沒有或很少發生這些反應，使療效大打折扣，這在很多配方中都有所體現。
2.制劑廠家存在質量低劣等現象。國家藥典對藥材的有效成分有要求，但單純的成分分析有時與實踐不符。比如人參的葉和須的有效成分遠高於根，但實際療效明顯比葉和須強很多，所以廠家可以用葉代替根作為制劑原料，節約成本，而藥效明顯不如湯劑，但檢驗合格。
所以顆粒配方的研究需要多做工作，而不是急於上市。