軟殼也是對蝦養殖過程中的主要病害之壹，對對蝦的生長影響很大，嚴重時會出現較多對蝦死亡。導致對蝦軟殼的原因，可能有以下幾種：
（1）長期投餵不足或飼料配方不合理，使對蝦攝取營養不足，呈饑餓狀態。
（2）磷是對蝦甲殼形成和鈣化過程中的主要元素，當池水中因溶解態磷的含量過低，對蝦的磷攝取不足，即導致軟殼。
（3）養殖水體缺少適量的鈣，不能滿足對蝦正常蛻殼的需要，尤其出現在低鹽度養殖中。
（4）養殖密度過高，造成養殖環境惡劣，導致水質惡化，致使蝦殼變軟。
（5）尤其在淡水中，亞硝酸鹽對蝦的影響較大。當含量超過壹定濃度（不同水體有所差異，壹般超過0.3毫克/升）時，會導致對蝦軟殼。
（6）池水中有機錫或有機磷殺蟲劑的濃度過高，使對蝦甲殼中幾丁質的合成受到抑制。