小扁豆的多數花序只結1莢，有的結2莢，極少數結莢3～4個。莢果長橢圓形，兩側扁，光滑，基部圓或稍帶楔形，頂部短而尖，無毛，長9～20mm，寬4～11mm，成熟莢黃色或褐色，每莢有種子1～2粒，極少數含3粒或4粒種子。像在其他豆類中的情況壹樣，單株莢數受到環境和基因型互作的強烈影響。
種子
小扁豆籽粒是典型的凸透鏡形，直徑變化於2～9mm之間。種皮黃色、淺褐色至褐色和黑色，通常帶有紫或黑色斑紋或斑點，這些斑點、紋路的顏色深淺有不少變化。多數品種種子表面平滑，少數大粒種子表面有皺紋。種臍小，窄橢圓形。小扁豆子葉呈紅橙色、黃色或綠色。小粒類型百粒重1～4.0g，大粒類型百粒重為4.1～9.0g。小扁豆種子休眠期長短存在著遺傳上的差異，有的品種在收獲後3～4周內就能度過休眠期，另壹些品種則長些。打破休眠常用的方法有，在充氣的水中浸泡4～8h或在-15℃下冷凍12h左右。