①有機大米生產加工過程中絕對禁止使用農藥、化肥、激素等合成物質，不允許使用基因工程技術；綠色大米允許有限使用這些物質，基因工程技術沒有被禁止。
②有機水稻對土地生產的轉化有嚴格的規定。考慮到有些物質會在環境中殘留很長時間，土地從生產其他食物轉化為生產有機大米需要兩到三年的時間，而綠色大米對轉化期沒有要求。
③有機大米的數量是嚴格控制的，要求有固定的地塊和固定的產量，而其他大米的生產就沒有這麽嚴格的要求了。
按照國際慣例，有機食品標誌認證的許可有效期為壹年。壹年期滿後，可以申請“保證認證”，經檢查考核合格後，可以繼續使用有機食品標誌。
⑤綠色大米和有機大米都註重生產過程的管理。綠色大米側重於產品質量影響因素的控制，有機大米側重於環境質量影響因素的控制。