蘋果核有毒。蘋果核中有氫氰酸，但含量很少，單個蘋果中的氫氰酸對身體的影響甚至可以忽略不計，只要短時間內不大量食用，對身體沒有影響。如果大量食用，氫氰酸會在體內沈積，導致頭暈、頭痛、呼吸頻率加快等癥狀，嚴重時可出現昏迷。單個蘋果核所含氫氰酸劑量較小，通常不會引起明顯的毒性反應。如果不小心吃到了蘋果核，也不用太擔心。
蘋果富含果膠、維生素、多酚和類黃酮。適當食用蘋果可以補充人體必需的微量元素和礦物質，但不建議帶核吃蘋果。由於蘋果核較硬，不易被胃腸道正常消化，容易引起腹脹等不適。同時，蘋果皮中有大量的膳食纖維，大量食用後難以消化。對於腸胃功能紊亂的人，吃蘋果時要註意剝去果皮，細嚼慢咽果肉，避免出現腹脹腹痛等消化不良癥狀，或者煮熟後再吃蘋果，有利於腸胃消化，促進營養的吸收。