引起手足口病的病原體主要是A組的柯薩奇病毒2、4、5、7、9型、10、16型和B組的1、2、3、4、5型;腸道病毒71;埃可病毒等。其中腸道病毒71和柯薩奇病毒A16較為常見。
腸道病毒適合在濕熱環境中生存和傳播,對乙醚和去氯膽酸鹽不敏感,75%酒精和5%來蘇兒不能滅活,但對紫外線和幹燥敏感。各種氧化劑(高錳酸鉀、漂白粉等。),甲醛和碘可以滅活病毒。病毒在50℃能快速滅活,但濃度為1mol的二價陽離子環境能提高病毒對熱滅活的抵抗力。該病毒在4℃下可存活1年,在-20℃下可存活較長時間,在外界環境下可存活較長時間。