1、尿路平片及造影：根據兩側腎影靠近脊椎及低位，長軸相互平行或上極向外傾斜而下極向內靠近即可懷疑馬蹄腎，有時可見連接的腎下極的峽部輪廓。尿路造影可明確診斷，最顯目的征象是下腎盞指向中線，腎孟腎盞長軸上端向外下端向內呈倒“八”字形，輸尿管向中線靠近。
2、B超：可清楚顯示兩腎下極相連，橫過下腔靜脈和腹主動脈前方。
3、CT：可直接顯示兩腎下極融合部即峽部橫過主動脈前方，且由於腎旋轉不良，腎盞位於腎前方，輸尿管越過峽部兩側前方下行。但馬蹄腎位置壹般較低，需掃描到較低位置才能確定診斷。
4、IVU：可顯示腎位置較正常低，兩側腎盂陰影下垂、靠攏、腎軸自外上方向內下方傾斜。雙輸尿管從峽部前方跨過，並可能有梗阻表現。
5、MR和核素還可以從冠狀位顯示兩腎下極融合情況。