山茱萸成熟幹燥的果實是去核後的珍貴藥材紅薯肉。果藥用作澀血補藥和滋補品;能健胃、補肝腎,治療貧血、腰痛、神經衰弱、心臟衰弱。其味酸,入肝腎經。收澀澀,有補肝益腎、固腎斂精之功。適用於肝腎不足引起的腰膝酸軟、遺精、頭暈、耳鳴等癥。
山茱萸肉富含營養和功能成分。明代李時珍的《本草綱目》收集了歷代醫家應用山茱萸的經驗,將山茱萸列為補血固精、滋補肝腎、理氣補虛、明目強身之藥。