藥物正作用是主要的，壹種藥物常有多方面的作用，既有治療目的的作用也並存有非治療目的的作用。如抗膽堿藥阿托品，其作用涉及許多器官和系統，當應用於解除消化道痙攣時，除了可緩解胃腸疼痛外，常可抑制腺體分泌，出現口幹、視力模糊、心悸、尿瀦留等反應。後面這些作用是屬於治療目的以外的，且可引起壹定的不適或痛苦，因此稱為副作用。
副作用和治療作用在壹定條件下是可以轉化的，治療目的的不同，也導致副作用的概念上的轉變