在幹凈的大泡沫箱內放入幾瓶裝滿50℃熱水的長方形塑膠瓶子，把已接種上納豆菌的泡沫飯盒擺在瓶子上，箱內理想溫度是42℃。如箱內溫度降到38℃時，瓶內重新換入50℃的熱水。如此反復更換瓶內熱水，發酵14-36小時，大豆表面產生了白膜，有粘絲出現後，大豆就變成臭豆子了。如沒有泡沫箱子，也可使用大紙盒，四周包上棉被和電褥子，或者箱內插入壹只45℃的電燈泡等方法來保持箱內恒溫。註意多接觸空氣。
後熟、在38-42℃的恒溫下發酵14-36小時，然後放在冰箱內低溫貯藏數小時後，做好的臭豆子無論是外觀還是口感都會更好。因此建議臭豆子做好後，先放入冰箱內低溫貯藏數小時以後再食用或長期保存。
關鍵註意保持38-42℃的恒溫。②豆菌要接種到熱熱的大豆中（溫度最好38-45℃，溫度太高會殺死豆菌）。